Le 4 juillet 2001, le ministère de l'éducation nationale écrivait aux présidents d'universités, pour leur donner des instructions sur les contrats entre l'Etat et les universités pour la période 2003-2006. On pouvait y lire : " des instructions ont été données aux présidents pour que soient mises en place dès la prochaine rentrée universitaire plusieurs mesures concrètes, et notamment (…) l'organisation de cursus bi ou pluridisciplinaires ". L'obligation de pluridisciplinarité se fait forcément au détriment des filières générales et spécialisées, qui sont pourtant la base de l'esprit universitaire.

Plus loin, les universités "sont invitées à présenter dès la prochaine campagne d'habilitation leur offre de formation sous forme de semestres et modules capitalisables". Ceci anticipait la mise en place effective du diplôme à points (ECTS). Poursuivant la réforme Bayrou (1997) qui avait généralisé la division de l'année en deux semestres, ce texte propose purement et simplement de supprimer l'organisation des études en années (avec toutes les remises en cause que cela entraîne).

Enfin, le ministère indiquait que "l'effort de l'établissement pour mieux répondre aux besoins de l'environnement économique doit par ailleurs être poursuivi" ; plus loin : "l'objectif est de réunir les conditions optimales pour encourager la création d'entreprises". On voit encore ici l'idée des universités comme " centres d'expansion économique ", grande obsession de Claude Allègre. Il est évident que cela rentre dans la logique actuelle de privatisation des universités, puisqu'on commence déjà à les gérer avec une volonté de rentabilité. On est bien loin de leur raison d'être, c'est-à-dire un lieu de création et de transmission de savoirs, ainsi que de développement de l'esprit critique.