3. DES INSTITUTIONS MULTIPLES ET TRÈS DIFFÉRENTES

3.1. Un système de recherche publique complexe et peu lisible
Le potentiel de recherche publique repose d'une part sur une vingtaine d'établissements publics de recherche ou assimilés, dénommés également "organismes de recherche", et représentant globalement près de 85000 personnes, dont environ 45% de chercheurs ou ingénieurs de recherche. Parmi ces organismes, huit EPST (établissement public à caractère scientifique et technique) comptent plus de 21 000 chercheurs statutaires, et près de 25 000 ingénieurs, techniciens et administratifs (ITA). Les instituts sans but lucratif (ISBL) rassemblent pour leur part près de 7500 personnes, dont 4000 chercheurs et ingénieurs de recherche. Les EPIC (établissement public à caractère industriel et commercial) emploient 11000 chercheurs et 16000 techniciens. Le LCPC est devenu le neuvième EPST le 1er juin 1998.
Ce potentiel de recherche repose d'autre part sur près de 200 établissements d'enseignement supérieur (universités et grandes écoles) investis de mission de recherche ou recevant de financement pour la recherche. Cela concerne plus précisément 81 universités ainsi qu'une centaine de grandes écoles et autres établissements d'enseignement supérieur qui accueillent des laboratoires ou équipes de recherche. La population concernée est ici celle des 49 000 professeurs et maîtres de conférences, affectés dans l'un des établissements d'enseignement supérieur que compte notre pays, et des 10 000 hospitalo-universitaires affectés principalement en facultés de médecine et CHU.
Deux questions sont ici légitimement posées : celles de la lisibilité et de l'efficacité d'un tel système, multiforme voire morcelé.
Un premier constat s'impose: le système de recherche français est effectivement un kaléidoscope de structures de recherches de toutes tailles (quelques dizaines à plusieurs milliers de personnels de recherche), de tous types (EPST, EPA ie établissement public à caractère administratif, EPIC, fondations, associations, universités, grandes écoles, etc.), dans des champs de disciplines très variées et inégalement couverts. Il importe de souligner l'extrême diversité de situations rencontrées dans le système de recherche français: - selon les disciplines et les thématiques de recherche - selon les institutions, organismes ou universités, qui ne disposent pas de moyens, de structures, d'implantations et de statuts toujours comparables - selon les laboratoires de recherche, au sein d'une même discipline ou d'une même institution, en fonction des besoins en équipements lourds, du contexte international (partenariats ou au contraire concurrence aiguè avec des laboratoires étrangers), du contexte industriel, etc. Il serait ainsi extrêmement réducteur de dresser un tableau et de porter un jugement unique et globalisant sur le système de recherche de notre pays (cet exercice serait aussi difficile pour tout autre pays). Beaucoup jugent qu'il y a trop d'organismes de recherche ou que certains n'atteignent pas la "masse critique" en équipes et thèmes de recherches. S'il nous est difficile de juger cette seconde assertion, qui relève de l'évaluation scientifique et stratégique des organismes ou de leurs unités, nous avons bien relevé qu'il y avait d'une part un grand nombre de structures, et d'autre part une multiplicité de formes administratives (EPST, EPA, EPIC, fondations, associations...) qui tiennent parfois plus de l’histoire des établissements que de la pure logique juridique ou administrative. Au même titre que pour les organismes de recherche, il s’est établi au fil du temps entre les universités françaises une très grande diversité, voire de grandes inégalités. On parle en effet de diplômes universitaires communs mais si l’on compare le nombre de thésards, les montants des crédits, les moyens alloués à la recherche, on s’aperçoit qu’une hiérarchie implicite des universités s’est constituée. Est-il besoin de dire qu’elles n’ont déjà pas la même ancienneté ? La Sorbonne a récemment fêté ses 500 ans d’histoire tandis que sa petite soeur du Littoral — Côte d’Opale est née en 1991. Or l’histoire est un critère déterminant car la différence des universités repose en grande partie sur leur héritage en termes de postes ou de moyens matériels, héritage difficile à corriger. Leur taille comme leurs moyens varient considérablement d’une université à une autre. Enfin, leur structuration est très inégale : certaines sont pluridisciplinaires, d’autres se répartissent en groupes de disciplines. Ces critères expliquent aussi la différence de comportement vis-à-vis de la recherche qui constitue pourtant pour ces dernières le seul élément de référence et d’image pris en compte, en particulier dans les comparaisons internationales. Par ailleurs, elles doivent faire face à la concurrence permanente des grandes écoles et des cursus plus professionnels comme les IUT. Néanmoins leurs relations avec les universités permettent parfois des synergies de bon niveau. En effet, certaines sont insérées dans un tissu universitaire, d’autres sont plus indépendantes par rapport à leur environnement. Citons l’exemple d’une intégration réussie, malheureusement trop rare : l’Université de Technologie de Compiègne (UTC). La perception de l’activité de recherche y est exemplaire. Celle-ci se caractérise par le choix d’un nombre limité de thèmes de recherches (12 au total), la définition de trois axes mobilisateurs pour l’établissement, une structuration en un nombre faible d’unités de recherches, la volonté de développer des recherches pluridisciplinaires et de monter des collaborations fortes avec le monde économique afin de favoriser les actions de valorisation, enfin une école doctorale unique et originale qui propose un contrat où le DEA est considéré comme la 1 ère année d’une formation étalée sur quatre ans et prévoit des enseignements spécifiques sur trois ans dont l’anglais et les techniques de l’information et de la communication.
En conséquence, et avec la définition de grands pôles universitaires à Paris comme en province, il n’existe pas de répartition harmonieuse de la recherche et de l’enseignement supérieur sur le territoire. Il apparaît de fait une inégalité d’accès et de moyens, que ce soient entre étudiants ou entre chercheurs. La conséquence principale de l'émiettement de notre système de recherche est une faible lisibilité dans notre pays, que ce soit pour les industriels, pour les élus et hommes politiques, pour les media et plus généralement pour nos concitoyens. Il serait de ce point de vue révélateur de réaliser une enquête de notoriété ! A fortiori, aux yeux de nos partenaires étrangers, le monde de la recherche française est de prime abord assez impénétrable. Imaginons un laboratoire ou un industriel hollandais ou asiatique qui voudrait mener un programme de recherches sur les ressources alimentaires dans telle partie de l'Indonésie insulaire avec des partenaires européens et plus particulièrement français: s'adressera-t-il prioritairement à l'INRA, au CIRAD, à l'IRD, à l'IFREMER, au CNRS, aux universités ? Nous pourrions multiplier les exemples dans de nombreux champs disciplinaires: SHS, médical, matériaux, biochimie, etc. Cela dit, l'efficacité de notre système de recherche ne semble pas affectée outre mesure par cette extrême diversité, cet apparent morcellement voire éclatement des institutions de recherche qui bien souvent se complètent, se concurrencent (dans le sens positif du terme), et s'associent.
Tout d'abord, les missions et les grands champs disciplinaires, même si des évolutions voire des dérives ont été observées avec le temps, sont assez bien définis pour la plupart des institutions: aux côtés du CNRS, organisme pluridisciplinaire de recherche dite "académique" (ce qui n'exclut pas des recherches appliquées ni la valorisation), on trouve de puissants organismes de recherche finalisée ou de recherche technologique: l'INRA en agronomie, l'INSERM en recherche médicale, le CEA sur le nucléaire et la radioactivité, l'INRIA en automatique et informatique, etc. Enfin des organismes plus petits exercent des activités de recherche très pointues, souvent au meilleur niveau mondial: l'INED en démographie, le CIRAD en agronomie des zones tropicales, le CEMAGREF en génie rural, etc. La situation n'est toutefois pas toujours aussi limpide quand le CNRS mène des recherches en chirurgie expérimentale, ou quand le CEA investit les sciences du vivant et la biologie parfois bien au-delà du champs nucléaire, etc. : on pourrait multiplier les exemples. Enfin, les recherches étant de plus en plus interdisciplinaires et se développant à la marge ou à l'interface des disciplines "classiques", les notions de "périmètre" de recherche ou de "champ disciplinaire" vont devenir de plus en plus caduques. Heureusement, les liens entre les organismes de recherche et les universités n'ont cessé de se resserrer depuis quelques années. Si la situation est très variable selon les organismes, il existe de longue date de nombreuses unités de recherche mixtes ou associés, des coopérations ou conventions entre organismes et universités sur des thématiques voire des programmes de recherche. La tendance actuelle est au renforcement et à la multiplication de ces associations ou partenariats, et cela est très positif.
Le système de recherche français s'est mis à fonctionner en réseau, associant des partenaires de natures différentes en fonction des thèmes de recherche, des besoins en compétence, des besoins en moyens matériels ou financiers, etc. Chaque institution cherche ainsi à tirer profit de coopérations possibles, de la présence d'objectifs de recherche proches ou communs, de toutes les synergies imaginables avec des "voisins", collègues ou partenaires de la recherche publique, de la recherche privée et plus généralement des entreprises, des collectivités locales, des administrations, etc. Dans ce cadre les universités sont devenues des partenaires privilégiées des organismes de recherche et réciproquement. Enfin, les coopérations scientifiques ou les partenariats se nouent de plus en plus en dehors des frontières nationales, à l'échelle européenne tout d'abord, et plus généralement internationale.

3.2. Relations entre organismes de recherche et universités
Les grands organismes jouent un rôle stratégique dans le développement de l’effort national de recherche défini par le Gouvernement. Ils sont amenés à construire des programmes nationaux dans le cadre desquels ils peuvent créer des centres de recherche qui leur sont propres ou financer des équipes associées, ils disposent de personnels qu’ils peuvent affecter à ces équipes. En outre, ils peuvent gérer de gros équipements et financer des actions incitatives. Les établissements d’enseignement supérieur ont la responsabilité de l’organisation et de l’excellence des études doctorales alimentées par la recherche. Une part très importante des chercheurs des organismes de recherche est recrutée parmi ceux qu’ils ont formés. Ils jouent un rôle considérable dans le dispositif national de recherche auquel ils apportent un potentiel de plusieurs dizaines de milliers d’enseignants-chercheurs, d’ingénieurs, de techniciens et d’étudiants. Ils font émerger les jeunes équipes. Il n’est pas moins vrai que des problèmes de coordination se posent par nature entre les organismes de recherche et les établissements d’enseignement supérieur. Les premiers mènent une politique scientifique nationale. Les secondes, autonomes, définissent une politique scientifique d’établissement et développent leurs relations régionales avec les collectivités locales et avec le tissu économique. Les premiers affectent les chercheurs, en fonction de leur politique nationale, dans les centres de qualité; les seconds affectent les enseignants-chercheurs en fonction des flux d’étudiants, ce qui conduit à une dispersion sur tout le territoire antinomique avec la localisation des pôles de recherche.
En ce qui concerne les relations entre organismes de recherche et universités, il convient cependant de distinguer le cas du CNRS et de l’INSERM de celui des autres organismes de recherche. Les premiers ont une longue pratique de la politique d’association ou au moins en ce qui concerne l’INSERM, d’une très forte interpénétration avec le milieu universitaire. La complémentarité avec les établissements d’enseignement supérieur est permanente dans ces deux organismes. Leurs instances d’évaluation comprennent à la fois des représentants élus des chercheurs et des enseignants-chercheurs, qu’il s’agisse du comité national de la recherche scientifique ou du conseil scientifique et des commissions scientifiques spécialisées de l’INSERM. En outre le comité national de la recherche scientifique a une mission nationale d’évaluation, dont la vocation dépasse le cadre du CNRS, qui peut notamment être mise au service des établissements d’enseignement supérieur.
Mais l’élément nouveau est l’organisation de collaboration entre les autres organismes de recherche et les établissements d’enseignement supérieur. Cette collaboration se situe ainsi à plusieurs nivaux que nous présentons rapidement. · Une politique d’association au niveau des équipes de recherche dont les principes sont définis par des accords-cadres Aujourd'hui, les principaux EPST ont des laboratoires mixtes ou associés avec des universités et projettent d'en augmenter encore le nombre. Ainsi près de 90% des unités du CNRS sont associées d'une façon ou d'une autre aux universités. Les trois quarts des chercheurs CNRS travaillent sur des sites universitaires, participent dans leur majorité à l'enseignement, et jouent un rôle significatif dans l'encadrement des DEA et des thèses. Toutes les unités propres du CNRS, sauf une, sont liées par des conventions à une université et participent pour la plupart aux écoles doctorales. Les universitaires sont plus nombreux (environ 15000) que les chercheurs dans les équipes du CNRS, et présents à tous les niveaux: direction de laboratoires, direction de l'organisme, ainsi qu'au comité national. Pour le CNRS, les évolutions de ces dernières années ont été le développement des unités mixtes dans un contexte de stabilité voire de diminution des équipes. L'INSERM et l'INRA, organismes de recherches finalisées, ont développé des associations avec l'université, moins massivement et plus récemment que le CNRS, mais opèrent actuellement un "rattrapage" rapide. Plus de 30% des unités INSERM sont hébergées dans des locaux hospitalo-universitaires, et les enseignants-chercheurs et hospitalo-universitaires sont en nombre aussi important dans les formations INSERM que les chercheurs INSERM eux-mêmes. D’autre part l’INSERM accorde des aides à des laboratoires universitaires. En outre, l'INSERM a passé en novembre 1998 une convention nationale ("accord cadre") avec la Conférence des Présidents d'Universités (CPU) pour renforcer et accroître les collaborations et coopérations scientifiques, marquant ainsi une réelle volonté de partenariat. L'INRA s'est fixé pour sa part comme objectif d'atteindre un taux de 40 % d'unités mixtes de recherche (UMR) d'ici 2 à 3 ans, soit un quasi doublement par rapport au nombre actuel d'UMR: 70 unités mixtes pour 300 unités de recherche, soit un taux de 25%. L'INRIA compte près de 2000 personnes dans ses laboratoires dont la majorité ne sont pas des personnels INRIA, mais des chercheurs associés (CNRS ou universitaires: environ 300), des doctorants (environ 500) et des post-doctorants ou stagiaires (de 150 à 200). Les EPIC participent également à cette évolution profonde de notre système de recherche. Ainsi, l’IFREMER a des unités de recherche marines. Le CEA a développé de nombreux partenariats ou associations avec des universités et grandes écoles, avec le CNRS, bien sûr, mais aussi l'INSERM, le BRGM, l'ANDRA, l'ADEME, l'OPRI, etc. Le CEA a commencé par signer des conventions avec les universités, puis étudie maintenant la création d’unités mixtes. Dans le cadre des contrats pluriannuels qui se mettent en place entre le Ministère et les organismes, tous sont incités à créer des unités mixtes.

La politique de contractualisation
Une politique de contractualisation quadriennale a été mise en place depuis 1989 entre les établissements d’enseignement supérieur et l’État. Les contrats soutiennent les équipes propres des établissements (équipes d’accueil et jeunes équipes) et les équipes partagées avec les organismes de recherche. L’ensemble représente aujourd’hui 3 400 équipes reconnues après une évaluation par des experts nationaux.
La contractualisation préserve l’autonomie des universités qui ont la capacité de prélever un "bonus qualité-recherche" qui représente au maximum 15% des sommes prévues dans le volet recherche du contrat et qui leur permet de soutenir et d’initier des opérations de qualité non examinées, parce qu’encore inconnues, au moment de l’évaluation. Depuis 1995, un nouveau type de relations contractuelles tripartites a été expérimenté. Désormais, les établissements peuvent définir dans le même contrat leurs liens avec l’État et avec le CNRS. Ce dialogue global permet de fixer dans la durée et de manière synchrone les objectifs scientifiques communs, et les contributions de chacun à leur mise en oeuvre. Cette démarche a permis de renforcer et de clarifier les termes de la coopération très active entre le CNRS et les universités et aujourd’hui la majorité des établissements l’ont adoptée. Des relations du même type seront construites dès 1999 avec l’INSERM, l’INRA, l’INRIA et l'ORSTOM.
La contractualisation a fourni un cadre particulièrement propice aux associations, aux échanges, aux coopérations scientifiques, et au partage de compétences et de moyens. Elle a permis d'innover en matière d'association ou de coopération scientifiques, sur la forme et sur le fond. Elle inscrit également toutes les démarches dans la durée, condition indispensable à toute recherche de qualité.
Il reste que beaucoup de "petites" universités ne sont pas parvenues soit à un réel développement, soit à un équilibre de leurs relations avec les EPST ou EPIC. Il leur est en outre difficile de jouer plusieurs cartes à la fois sur le plan des disciplines et des partenariats: ces universités doivent faire des choix. Certaines y sont parvenues assez tôt, comme Perpignan dans le domaine de la biologie moléculaire des plantes ou l'université du Littoral (Nord Pas-de-Calais) sur les questions d'environnement.
Enfin, au plan régional, il n'est pas toujours aisé d'identifier qui prend part aux négociations des contrats quadriennaux et qui "pèse réellement": recteur d'Académie, présidents d'université, délégué régional à la recherche et la technologie (DRRT), délégués régionaux d'organisme, présidents de pôles lorsqu'ils existent (pôle universitaire, pôle européen, etc.). À condition que le concept d’unité mixte ne se substitue pas à tous les concepts existants, il est apparu satisfaisant. Pour les UMR se pose la difficulté de la double tutelle ou de la double appartenance juridique. Il a été souhaité que l’UMR puisse relever plutôt de la gestion de l’un ou l’autre des établissements, l’établissement non gestionnaire apportant en contrepartie un complément de moyens. C’est le contexte de stabilité des équipes qui pose le plus de problèmes dans la politique d’association.

3.3. Émergence de pôles structurants au niveau régional
Les dynamiques de la recherche et de l’innovation se développent à différentes échelles géographiques. Les firmes multinationales déploient des stratégies globales dans le cadre de la mondialisation. D’un autre côté, la région ou l’agglomération joue un rôle de plus en plus considérable. C’est à cet échelon en effet que les connaissances tacites et les savoir-faire circulent de manière privilégiée, au sein de réseaux de proximité. Autour de certaines des 80 universités françaises se sont donc constitués des pôles structurants, portés par les dynamiques nées des contrats de plan Etat-Région, de programmes nationaux à déclinaison territoriale (décisions de créations d’université — Université du Littoral sur Dunkerque, Calais et Boulogne sur mer - ou de délocalisations d’écoles ou d’organismes — CNES et Sup’Aéro à Toulouse), des évolutions de la politique des fonds structurels d’appui aux régions défavorisées et de la préparation des programmes cadres de recherche communautaire (PCRD). La forte implication des universités au sein de leur environnement a constitué un facteur d’attractivité important pour les laboratoires et les entreprises et d’attention de la part des collectivités territoriales.
Cette dynamique régionale est perceptible au travers de plusieurs indicateurs. Tout d’abord, quatre régions concentrent trois quarts des 51 milliards de francs qui constituent le budget de la recherche publique civile. L’Ile-de-France exécute plus de 42,3% des dépenses, suivie de très loin par les régions Rhône-Alpes (10,8%), Midi-Pyrénées (8,5%) et Provence-Alpes-Côte d'Azur (8,3%). Par rapport à leur puissance économique mesurée par un PIB régional, les régions de Midi-Pyrénées et Languedoc-Roussillon sont cependant mieux dotés que l’Ile-de-France. Cette répartition budgétaire est renforcée par celle des personnels, chercheurs et enseignants-chercheurs. Près de 50% des personnels des organismes de recherche travaillent en Ile-de-France contre un peu plus du quart des enseignants-chercheurs universitaires. Cette répartition traduit le fait que la dimension territoriale de l'enseignement supérieur est plus marquée que celle de la recherche des organismes. Derrière l'Ile-de-France, la région Rhône-Alpes pour la recherche académique et la région Provence-Alpes- Côte d'Azur pour la recherche finalisée, dominent largement. Cette situation est confortée par la dépense de recherche et développement des entreprises par région. L’Ile-de-France concentre plus de 52% du potentiel national de recherche et développement des entreprises mais la prépondérance de la région parisienne s'atténue régulièrement depuis une quinzaine d'années. La région Rhône-Alpes se classe en seconde position (10%), suivie par Provence-Alpes-Côte d'Azur (5,6%) et Midi-Pyrénées (4,6%) qui profitent globalement de la diminution de la part de l'Ile-de-France. Ces répartitions sont accentuées par le budget que consacrent les conseils régionaux à la recherche et développement. En 1995, l'ensemble des régions a consacré près de 1,2 milliards de francs à la R&D et à la technologie contre moins de 500 millions dix ans plus tôt. Les conseils régionaux allouent aujourd'hui entre 0,4% et 4% de leur budget propre à la R&D. On observe de fortes variations suivant les régions : ainsi Rhône-Alpes consacre aujourd'hui plus de 100 millions de francs à ces domaines, soit 11,2% du budget total des conseils régionaux. En revanche, le budget de l'Ile-de-France est de 78 millions de francs, soit 6,5%. En parallèle, près de quatre thèses sur dix sont soutenues dans un établissement d'enseignement supérieur de la région Ile-de-France. Les universités des régions Rhône-Alpes, Midi-Pyrénées, Provence-Alpes-Côte d'Azur et Languedoc-Roussillon totalisent ensemble près de 30% des thèses soutenues en France. Cette répartition se décline également au travers de la production scientifique par région. Elle est cependant moins nette en matière de répartition des dépôts de brevets puisque derrière l'Ile-de-France où plus de deux brevets sur cinq sont déposés, on trouve certes la région Rhône-Alpes avec 16% et la région Provence-Alpes-Côte d'Azur avec 5,2% mais aussi les régions Alsace (3,5%) et la région Centre (3,4%).
Cette analyse nationale est confortée par les chiffres d'implication dans les programmes communautaires. Les participations des régions françaises aux programmes communautaires reflètent également la puissance de celles-ci : l'Ile-de-France domine avec près de 50% des participations, suivie par les régions Rhône-Alpes (12,3%) et Provence-Alpes-Côte d'Azur (7,3%). Un second groupe est composé de régions ayant un taux de participation avoisinant les 4 ou 5% : Languedoc-Roussillon, Midi-Pyrénées et Bretagne.
Ces quelques indicateurs montrent bien la force de certaines régions où la recherche apparaît de plus en plus comme un vecteur du développement local. Une récente enquête a mis en évidence les atouts des différentes régions françaises et indirectement leur progression relative. Cette tendance est renforcée par la constitution de pôles européens d’excellence à partir desquels se mettent en oeuvre d’autres dynamiques territoriales, comme les métropoles-réseaux. Reste que, comme le montre un récent rapport de l’IGAEN sur « les conditions du développement de la recherche et de la technologie au niveau régional », on ne peut toutefois pas aller jusqu’à parler d’une politique régionale de la recherche, à la fois parce que les structures et les moyens humains ne sont pas adaptés aux enjeux et que la politique de l’Etat au niveau des régions, comme les partenariats État — régions, ne favorise guère de telles évolutions. Il faut ajouter enfin que les structures sont de façon générale assez peu associées à l’élaboration des grands programmes : l’exemple de la préparation du 5 ème PCRD est éloquent à ce sujet. Enfin, les indicateurs cités ci-dessus montrent le déséquilibre réel qui existe entre les régions et par conséquent, entre les structures qui les animent, suivant en grande partie les inégalités en termes de développement économique. Ces inégalités méritent également une attention particulière en matière d’aménagement du territoire. À l’avenir, il apparaît donc nécessaire de prendre en compte cette réalité territoriale dans toute réflexion sur la recherche.